Linux系统在shell中conda activate激活环境报错

2021-09-11

字数统计: 530字 | 阅读时长: 2分

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网站的后台需要搭建自动化脚本，激活相应的conda虚拟环境，再运行python测试指令。

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# cmd.sh
conda activate pytorch1
python test.py

尝试在.sh文件中，像在shell中一样直接激活，却报了错。

ArgumentError: Invalid shells:
  - bash

Currently available shells are:
  - bash
  - fish
  - powershell
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh


CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

报错显示，Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.按照指示，在sh内外都尝试运行了conda init bash，还是没有解决。

解决方法：

1. conda initialize

打开～/.bashrc文件，找到conda initialize对应部分代码：

将其复制到cmd.sh中conda activate pytorch1的前面，即

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/root/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/root/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
conda activate pytorch1
python test.py

再次运行sh cmd.sh，刚刚的报错消失！方法参考自CSDN。

2. 再次报错syntax error: unexpected end of file

我这里还遇到一个问题：复制过来后，之前的报错解决了，但是出现新的问题

1	-bash: cmd.sh: line 17: syntax error: unexpected end of file

这个问题很可能是从其他系统编写的shell脚本在Linux下运行所造成的。（但是我一直都在Linux服务器上进行复制粘贴，可能是MobaXTerm的文本编辑器的问题。）

解决方法：

vim编辑文件

1	vim filename

设置文件格式

1	：set fileformat=unix

保存退出

：wq

再次运行sh cmd.sh，成功执行test.py文件！方法参考自CSDN。

附上我的测试结果：

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# cmd.sh
conda activate pytorch1
python test.py

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# test.py
import torch
print(torch.cuda.is_available())

在另一个服务器远程发送指令，进行调试：

（详细过程见另一篇文章）

成功！！